La liaison peptidique et ses propriétés⚓
Rappel : Éléments de survie
Il est nécessaire de bien avoir en tête la structure des acides aminés et de leurs fonctions chimiques caractéristiques pour bien comprendre les éléments à la base de :
la formation de la liaison peptidique ;
les propriétés de la liaison peptidique.
1. Formation de la liaison peptidique⚓
Lien vers la petite vidéo de présentation de la liaison peptidique en 3 minutes (top chrono !).
Le début de la vidéo est important pour répondre aux questions de la partie 1.
Réaction de formation de la liaison peptidique
Question 1
Quels sont les fonctions chimiques impliquée dans le formation de la liaison peptidique ?
Choix attendu
Question 2
Quelle molécule est libérée lors de la réaction de condensation ?
Question 3
Concernant la notion de séquence
Compléter le texte à trous
Question 4
Combien d'atomes sont impliquées dans la structure de la liaison peptidique
2. Géométrie de la liaison peptidique⚓
La structure des peptides et des protéines, dépend de la succession linéaire des acides aminés, mais aussi de leurs interactions dans l’espace qui sont influencées par leurs propriétés propres mais aussi par la géométrie qu'impose la liaison peptidique.
On appelle géométrie de la liaison peptidique :
la conformation qu'elle adopte dans l'espace et fait adopter à toute la chaîne protéique ;
le caractère de double liaison partielle.
Quelle est la conformation de la liaison peptidique ?
Regardez de nouveau la vidéo en vous concentrant sur les notions en lien avec la géométrie (à partir de 57 secondes)
Conformation de la liaison peptidique
Enchaînement imposé de la chaîne peptidique
Encombrement stérique des chaînes latérales des acides aminés liés dans une chaîne peptidique
Question 5
Comment appelle-t-on la conformation qui est adoptée par la liaison peptidique ?
Question 6
Selon la vidéo ainsi que les documents, la chaîne peptidique est divisée en unités peptidiques (visibles sous forme de rectangles en couleur).
Qu'est-ce que représentent ces unités peptidiques ?
Choix attendu
Question 7
Concernant la conformation de la liaison peptidique et les facteurs qui l'influence
Compléter le texte à trous.
Petit bilan : la liaison peptidique est dite plane car
L'étude précédente nous a permis de visualiser que la chaîne peptidique est divisée en unités peptidiques. Ces unités peptidiques sont des structures qui vont d'un Calphaà l'autre Calpha.
La torsion libre autour des unités peptidiques n’est pas totale et est limitée par l'encombrement stérique des atomes entre eux.
MAIS....une autre propriété rentre en jeux : c'est le caractère partiel de la double liaison C-N.
Représentation du caractère partielle de la double liaison C-N et de deux formes dites en résonance (mésomérie en chimie organique) :
à gauche ; 60% des liaisons peptidiques
à droite ; 40% des liaisons peptidiques
La question de rappel qui fait du bien (ou mal...)
Quel phénomène physique est à l'origine de la formation d'une liaison covalente ?
Choix attendu
La question de rappel qui fait du bien (ou mal...)
Comment peut être fait de partage d'électrons entre deux atomes ? Et quelle grandeur représente la force d'attraction des électrons dans une liaison ?
Choix attendu
Question 8
Après analyse du document sur les formes de résonance et des deux questions de rappel, compléter le texte à trous concernant la caractère de double liaison partielle de la liaison peptifique.
Question 9
Grâce au caractère polaire de la liaison peptidique, les groupements CO et NH pourront interagir entre eux par :